Транспортное управление КФ АО «Апатит» является структурным подразделением, занимающимся перевозкой грузов железнодорожным транспортом и сопровождением процессов реализации готовой продукции. Основные функции включают перевозку апатито-нефелиновых руд, отгрузку концентратов и эксплуатацию автомобильных дорог. На сегодняшний день задачи и функционал выполняют 395 сотрудников Транспортного управления.